Magneettitutkimus tapahtuu valaistussa ja ilmastoidussa tunnelissa, joka on avoin molemmista päistä. Asento tutkimuspöydällä pyritään saamaan mahdollisimman mukavaksi, koska kuvasarjojen onnistumisen edellytyksenä on paikallaan olo.
Merkinantoyhteys henkilökuntaan on koko tutkimuksen ajan. Tutkimuksen aikana kuuluu voimakas nakuttava ääni, jonka vuoksi annetaan kuulosuojaimet ja/tai musiikkikuulokkeet vaimentamaan ääntä.
Tutkimus kestää 15-30 min.
Ennen magneettitutkimusta varmistetaan kehonsisäiset metalliesineet (proteesit, stentit, metallin sirut, lääkeainepumput jne.), tämän vuoksi pyydetään täyttämään esitietolomake, jossa nämä asiat selvitetään.